可能です。
ただし、ダウンロードした電子データ（XMLファイル）をそのまま印刷しても控除証明書として使用できません。
当社が発行する電子的控除証明書を用いて、国税庁の「QRコード付証明書作成システム」にてPDFファイルの「QRコード付控除証明書」を作成・印刷することで、税務署または勤務先に提出できます。（「QRコード付証明書作成システム」の利用方法については、国税庁の「QRコード付証明書等作成システム」をご参照ください。）